W przeszłości, Archaea zostały sklasyfikowane jako bakteria i zostali wezwani archaebakterie. Ale odkryto, że archeony mają wyraźną historię ewolucyjną i biochemię w porównaniu z nimi
Do połowy XX wieku biolodzy klasyfikowali wszystkie żywe istoty jako rośliny lub zwierzęta. Ale ten system nie pomieścił grzybów, protistów i bakterii. W latach siedemdziesiątych system klasyfikacji ewoluował do tak zwanego Pięciu Królestw - prokariotów (bakterii) i eukariotów (roślin, zwierząt, grzybów, protist). Eukarionty charakteryzują się obecnością jąder, cytoszkieletów i błon wewnętrznych w ich komórkach.
Pod koniec lat 70. dr Carl Woese i jego koledzy z University of Illinois zidentyfikowali grupę mikroorganizmów, których skład genetyczny był bardzo różny od innych bakterii. Podzielili więc życie prokariotyczne na to, co nazywali Archaeabacteria i eubakterie. Później jednak doszli do wniosku, że „archaeabacteria” były na tyle różne, że wcale nie były bakteriami. Grupy zostały przemianowane na Archaea i bakteria.
Drzewo życia pokazujące klasyfikację wszystkich żywych organizmów.Zarówno archeony, jak i eubakterie mają podobny kształt i rozmiar. Oba występują jako pręty, ziarniaki, spirale, płyty lub zwoje.
Ogólna struktura komórkowa archeonów i bakterii jest taka sama, ale skład i organizacja niektórych struktur różnią się w archeonach. Podobnie jak bakterie, archeony nie mają błon wewnętrznych, ale oba mają ścianę komórkową i używają wici do pływania.
Archaea różnią się tym, że ich ściana komórkowa nie zawiera peptydoglikanu, a błona komórkowa używa lipidów połączonych eterem w przeciwieństwie do lipidów połączonych estrowo w bakteriach.
Wici Archaea wyewoluowały z bakteryjnego pilusa typu IV, podczas gdy wici bakteryjne ewoluowały z układu wydzielania typu III. Wici bakteryjne są jak łodyga, która jest pusta i składa się z podjednostek, które mogą swobodnie poruszać się w górę środkowych porów, dodając do wierzchołka wici, podczas gdy w archeae podjednostki wici są dodawane do podstawy.
Archaea rozmnażają się bezpłciowo w procesie binarnego rozszczepienia, pączkowania i fragmentacji. Eubakterie rozmnażają się bezpłciowo poprzez binarne rozszczepienie, pączkowanie, fragmentację, ale eubakterie mają wyjątkową zdolność do tworzenia zarodników, które pozostają uśpione przez lata, cecha, której Archaea nie wykazuje. Wzrost bakterii przebiega w trzech fazach: faza opóźnienia, gdy komórki dostosowują się do nowego środowiska, faza logarytmiczna oznaczająca wzrost wykładniczy i faza stacjonarna, gdy wyczerpują się składniki odżywcze.
Archaea może przetrwać w ekstremalnych i trudnych warunkach, takich jak gorące źródła, słone jeziora, mokradła, oceany, jelita przeżuwaczy i ludzi. Eubakterie są wszechobecne i znajdują się w glebie, gorących źródłach, radioaktywnych ściekach, skorupie ziemskiej, materii organicznej, ciałach roślin i zwierząt itp..