Różnica między AFLP i RFLP

Kluczowa różnica - AFLP vs RFLP
 

Badania DNA mają ogromne znaczenie w zrozumieniu i określeniu związków filogenetycznych, diagnozowaniu chorób genetycznych i mapowaniu genomów organizmu. Kilka technik związanych z analizą DNA stosuje się także do identyfikacji konkretnego genu lub sekwencji DNA w puli nieznanego DNA. Są znane jako markery molekularne. Polimorfizm długości wzmocnionego fragmentu (AFLP) i Ograniczenie długości fragmentu polimorfizm (RFLP) to dwa takie markery molekularne (metody) opracowane w biologii molekularnej do wykrywania zmienności genetycznej między organizmami. Obie metody są równie ważne i mają zalety i wady. Kluczowa różnica między AFLP i RFLP jest taka AFLP obejmuje selektywną amplifikację PCR strawionego DNA, podczas gdy RFLP nie obejmuje selektywnej amplifikacji PCR fragmentów DNA.

ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest AFLP
3. Co to jest RFLP
4. Porównanie obok siebie - AFLP vs RFLP
5. Podsumowanie

Co to jest AFLP?

AFLP (amplifikowany polimorfizm długości fragmentów) jest ważnym narzędziem w biologii molekularnej i jest szeroko stosowany w analizie zmienności genetycznej. AFLP opiera się na specyficznej amplifikacji PCR fragmentowanego genomowego DNA i wykrywaniu polimorfizmu za pomocą autoradiografów za pomocą elektroforezy żelowej. AFLP szeroko przyczynia się do identyfikacji różnic genetycznych w szczepach lub blisko spokrewnionych gatunkach z różnych królestw, w tym roślin, zwierząt, bakterii i grzybów. AFLP można przeprowadzić przy użyciu niewielkich ilości nieznanych próbek DNA. Nie wymaga wcześniejszej znajomości sekwencji i projektowania sond.

Kroki AFLP

1. Izolacja DNA
2. Trawienie DNA endonukleazami restrykcyjnymi
3. Ligacja ograniczonych fragmentów DNA za pomocą adapterów
4. Selektywna amplifikacja fragmentów z określonymi miejscami restrykcyjnymi
5. Rozdzielanie produktów PCR metodą elektroforezy żelowej
6. Wizualizacja matrycy żelowej za pomocą autoradiografu

AFLP jest bardziej czułą i powtarzalną metodą, którą można zastosować do profilowania DNA kilku taksonów, w tym grzybów, bakterii, roślin i zwierząt, bez uprzedniej wiedzy o sekwencjach DNA. Pomaga w identyfikacji niewielkich różnic między poszczególnymi populacjami ze względu na jego bardzo wrażliwy charakter. AFLP jest również ważny w mapowaniu genomu, badaniach kryminalistycznych, testach rodzicielskich, genotypowaniu itp.

Rysunek 01: AFLP

Co to jest RFLP?

Polimorfizmy długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) to technika stosowana do wykrywania zmian genetycznych w homologicznych sekwencjach DNA. Jest to pierwsza metoda opracowana do profilowania DNA. Organizmy mają unikalne odciski palców DNA lub profile DNA. RFLP służy jako ważne narzędzie do analizy zmienności między profilami DNA organizmów wewnątrzgatunkowych lub blisko spokrewnionych, ponieważ sekwencje homologiczne mają różne miejsca restrykcyjne (lokalizacje), które są unikalne dla konkretnego organizmu. Gdy homologiczne DNA jest trawione specyficznymi endonukleazami restrykcyjnymi, powstają różne profile DNA, które są unikalne dla każdego osobnika. Dlatego zasadą tej metody jest wykrywanie zmienności genetycznej między organizmami poprzez ograniczenie homologicznego DNA specyficznymi enzymami restrykcyjnymi i analiza polimorfizmu długości fragmentu za pomocą elektroforezy żelowej i blottingu. Wzory blotowania są unikalne dla każdego organizmu i charakteryzują określone genotypy.

Kroki RFLP

1. Izolacja wystarczającej ilości DNA z próbek
2. Fragmentacja próbek DNA specyficznymi endonukleazami restrykcyjnymi na krótką sekwencję
3. Rozdzielenie powstałych fragmentów o różnych długościach za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym.
4. Przeniesienie profilu żelu na membranę metodą Southern blotting

5. Hybrydyzacja membrany za pomocą znakowanych sond i analiza polimorfizmu długości fragmentów w każdym profilu

RFLP jest bardzo ważną techniką w wykrywaniu dziedziczenia choroby i znajdowaniu ryzyka wystąpienia choroby wśród członków rodziny. RFLP jest również często stosowany w mapowaniu genomu, identyfikowaniu przestępców w badaniach kryminalistycznych, testach na ojcostwo itp. RFLP ma również kilka ograniczeń. RFLP wymaga wcześniejszej wiedzy na temat danych sekwencji w celu zaprojektowania sond do hybrydyzacji. Wymaga również izolacji wystarczającej ilości DNA z próbki do analizy, co jest trudne w badaniach kryminalistycznych.

Rysunek 01: Mapowanie RRFLP

Jaka jest różnica między AFLP i RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP obejmuje selektywną amplifikację PCR strawionego DNA.	RFLP nie obejmuje PCR, chyba że jest to PCR-RFLP.
Sekwencja wiedzy
Znajomość wcześniejszej sekwencji nie jest wymagana.	Do zaprojektowania sond RFLP wymagana jest znajomość wcześniejszej sekwencji.
Niezawodność
To jest bardziej niezawodne.	Jest to mniej niezawodne w porównaniu do AFLP.
Skuteczność w wykrywaniu polimorfizmu
Ma to wyższą skuteczność w wykrywaniu polimorfizmu niż RFLP.	Jest to mniej wydajne w porównaniu do AFLP.
Koszt
Jest to trochę kosztowne w porównaniu do RFLP.	Jest to tańsze w porównaniu do AFLP.
Aplikacje
AFLP zostały zastosowane do mapowania genomu, pobierania odcisków palców DNA, badań różnorodności genetycznej, testów na ojcostwo i kryminalistyki	Analiza RFLP jest ważnym narzędziem w mapowaniu genomu, lokalizacji genów zaburzeń genetycznych, określaniu ryzyka choroby i testowaniu ojcostwa.

Podsumowanie - AFLP vs RFLP

AFLP i RFLP to dwie techniki stosowane jako markery genetyczne do oceny różnorodności i oceny związków genetycznych w biologii molekularnej. AFLP służy jako skuteczna i czuła metoda wykrywania polimorfizmu genetycznego między organizmami niż RFLP. Jednak chociaż obie te metody mają różną skuteczność w wykrywaniu odmian genetycznych, nadal są stosowane do pobierania odcisków palców DNA i diagnozowania chorób.

Odniesienie:
„1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. i Anete P. De Souza. „Porównanie markerów RAPD, RFLP, AFLP i SSR do badań różnorodności linii wsobnych kukurydzy tropikalnej”. Genetyka i biologia molekularna. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 marca 2017 r
2. „Polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP).” Narodowe Centrum Informacji Biotechnologicznej. U.S. National Library of Medicine, n.d. Sieć. 19 marca 2017 r
3. Masiga D. K. i Turner C. M. (2004). „Analiza polimorfizmu długości amplifikowanego (restrykcyjnego) fragmentu (AFLP)”. Metody Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Sieć. 19 marca 2017 r

Zdjęcie dzięki uprzejmości:
1. „ALFP” Barbarossa z holenderskiej Wikipedii - przeniesiony z nl.wikipedia do Commons. (Domena publiczna) przez Commons Wikimedia
2. „Mapowanie RFLP” Autor: Retama - Praca własna (GFDL) przez Commons Wikimedia