Różnica między losowymi starterami a Oligo dT

The kluczowa różnica jest między losowymi starterami a oligo dT losowy starter jest mieszaniną wszystkich możliwych sekwencji heksamerowych oligonukleotydów, podczas gdy starter oligo dT składa się z jednoniciowego odcinka 12–18 deoksytymidyn.

Odwrotna transkrypcja jest mechanizmem, w którym cDNA może być syntetyzowany przy użyciu mRNA lub dowolnego gatunku RNA. W celu wytworzenia cDNA należy dostarczyć enzym odwrotnej transkryptazy i inne niezbędne składniki, zwłaszcza matrycę i startery. Startery to krótkie sekwencje DNA zaprojektowane specjalnie do amplifikacji sekwencji docelowych. Startery losowe i startery oligo dT to dwa popularne typy starterów stosowane w odwrotnej transkrypcji. Dlatego losowy starter lub starter oligo dT są krótkimi sekwencjami oligonukleotydowymi DNA wymaganymi do odwrotnej transkryptazy w celu zainicjowania odwrotnej transkrypcji. W zależności od matrycy RNA można wybrać odpowiedni starter spośród tych dwóch typów starterów.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to są losowe startery 
3. Co to jest Oligo dT
4. Podobieństwa między losowymi starterami a Oligo dT
5. Porównanie obok siebie - Losowe startery vs Oligo dT w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie

Jakie są losowe startery?

Losowy starter jest mieszaniną oligonukleotydów reprezentujących wszystkie możliwe sekwencje heksamerowe. Sekwencja startera losowego startera to 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T lub C. Dlatego losowe startery można zastosować do amplifikacji jednoniciowego DNA lub RNA przez polimerazę DNA lub odwrotną transkryptazę, odpowiednio. Poza tym losowa mieszanina starterów jest zdolna do amplifikacji wszystkich regionów RNA w celu wygenerowania cDNA. W ten sposób wytwarza różne długości cDNA.

Rysunek 01: Losowe startery

Co najważniejsze, losowa mieszanina starterów nie wykazuje specyficzności matrycy. Nie jest w stanie odróżnić mRNA i innych gatunków RNA. I łączy się z dowolnym gatunkiem RNA w próbce. Jednak losowa mieszanina starterów jest odpowiednia do odwrotnej transkrypcji RNA bez ogonów poli (A), takich jak rRNA, tRNA, niekodujące RNA, małe RNA, prokariotyczne mRNA itp., Zdegradowany RNA i RNA o znanych strukturach wtórnych.

Co to jest Oligo dT?

Podkład Oligo dT to odcinek 12 - 18 deoksytyminy (dT). Sekwencję starterów można przedstawić jako 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Służy do produkcji cDNA z mRNA zawierającego ogon poli (A). Zasadniczo działa jako starter dla reakcji katalizowanej przez odwrotną transkryptazę. Podczas odwrotnej transkrypcji starter oligo dT hybrydyzuje z poliadenylowanym ogonem znalezionym na końcu 3 'większości eukariotycznych mRNA i rozpoczyna proces.

Rycina 02: Odwrotna transkrypcja przy użyciu Oligo dT Primer

W przeciwieństwie do losowego startera, starter oligo dT nie nadaje się do zdegradowanego RNA lub RNA, które nie mają ogonów poli (A), w tym prokariotycznego RNA i mikroRNA.

Jakie są podobieństwa między losowymi starterami a Oligo dT?

• Starter losowy i starter oligo dT to dwa typy starterów, które są używane w odwrotnej transkrypcji i wytwarzaniu cDNA.
• Zastosowanie losowego startera i startera oligo dT razem zwiększa czułość syntezy cDNA.
• Są to jednoniciowe krótkie sekwencje nukleotydowe.

Jaka jest różnica między losowymi starterami a Oligo dT?

Losowy starter jest krótką sekwencją oligonukleotydową złożoną z losowej sekwencji. Tymczasem starter oligo dT jest krótką nicią złożoną z 12 do 18 deoksytymidyn. Jest to więc kluczowa różnica między losowymi starterami a oligo dT. Sekwencja losowego startera to 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T lub C. Natomiast sekwencja startera oligo dT to 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Dlatego możemy uznać to za kolejną różnicę między losowymi starterami a oligo dT.

Co więcej, losowe startery nie wykazują specyficzności matrycy i łączą się z dowolnym gatunkiem RNA, podczas gdy startery oligo dT wykazują specyficzność wobec ogonów poli (A) eukariotycznego mRNA.

Poniższa infografika podsumowuje różnicę między losowymi starterami a oligo dT.

Podsumowanie - Random Primers vs Oligo dT

Starter losowy i starter oligo dT to dwa typy starterów stosowanych w syntezie cDNA. Losowy starter składa się z mieszaniny oligonukleotydów, reprezentujących wszystkie możliwe sekwencje heksamerowe, natomiast starter oligo dT jest jednoniciową sekwencją od 12 do 18 deoksytymidyn. Jest to więc kluczowa różnica między losowymi starterami a oligo dT. Poza tym startery oligo dT są przydatne do pełnej długości odwrotnej transkrypcji RNA ogonem poli (A), podczas gdy losowe startery są przydatne do odwrotnej transkrypcji większości gatunków RNA, w tym zdegradowanego RNA, RNA pozbawionego ogonów poli (A) i zawierających RNA struktury wtórne. Dlatego losowy starter nie wykazuje specyficzności matrycy, podczas gdy starter oligo dT wykazuje specyficzność wobec eukariotycznego mRNA zawierającego ogon poli (A).

Odniesienie:

1. „Konfiguracja odwrotnej transkrypcji: Thermo Fisher Scientific - US.” Konfiguracja odwrotnej transkrypcji | Thermo Fisher Scientific - US, dostępny tutaj.

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1. „Primers RevComp” autor: Zephyris - Praca własna (CC BY-SA 3.0) przez Commons Wikimedia
2. „Model RT PCR” Autor: Lokeshthimmana - Praca własna (CC BY-SA 4.0) przez Commons Wikimedia