Różnica między sondą a podkładem

Kluczowa różnica - sonda vs podkład
 

Sonda molekularna jest małym fragmentem DNA lub RNA, który rozpoznaje sekwencje komplementarne w DNA lub RNA i umożliwia identyfikację sekwencji docelowej. Primer to niewielki odcinek DNA lub RNA, który służy jako punkt wyjścia do syntezy DNA. Startery i sondy hybrydyzują z komplementarnymi nukleotydami matrycowego DNA lub docelowego DNA. Jednak kluczowa różnica między sondą a starterem jest taka startery są niezbędne do replikacji DNA, podczas gdy sondy są niezbędne do wykrywania określonych sekwencji w DNA próbki.

ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest sonda
3. Co to jest podkład
4. Porównanie obok siebie - sonda vs podkład
5. Podsumowanie

Co to jest sonda?

Sonda jest małym fragmentem DNA lub RNA stosowanym do wykrywania docelowego DNA lub RNA w próbce przez hybrydyzację molekularną. Są one również znane jako markery molekularne. Długość sondy może się zmieniać (od 100 do 1000 zasad), a nukleotydy sondy są komplementarne do części sekwencji docelowej. Dla ułatwienia wykrywania sondy są znakowane izotopami radioaktywnymi lub barwnikami fluorescencyjnymi lub przeciwciałami. Sondy wiążą się z komplementarnymi zasadami sekwencji docelowej i ujawniają obecność docelowego DNA lub RNA w próbce. Istnieją dwie główne metody znakowania sond: koniec etykietowania i tłumaczenia nicków. Sondy są podzielone na różne typy, w tym sondy DNA, sondy RNA, sondy cDNa i syntetyczne sondy oligonukleotydowe i są przygotowywane przy użyciu różnych technik.

Sondy są ważnymi narzędziami w wielu obszarach mikrobiologicznych i molekularnych, takich jak wirusologia, patologia sądowa, testy na ojcostwo, pobieranie odcisków palców DNA, wykrywanie chorób genetycznych, RFLP, cytogenetyka molekularna, in situ hybrydyzacja itp.

Rycina 01: Sonda znakowana fluorescencyjnie stosowana w FISH do wykrywania patogenów

Co to jest podkład?

Starter to krótki fragment DNA lub RNA, który służy jako inicjator syntezy DNA. Enzym polimerazy DNA dodaje nukleotydy do grupy OH 3 'sekwencji startera i syntetyzuje nową nić komplementarną do matrycy DNA. Startery to bardzo krótkie fragmenty o długości od 18 do 20 nukleotydów. Są one syntetyzowane chemicznie w laboratorium in vitro Amplifikacja DNA (PCR). Startery mogą mieć dowolną sekwencję nukleotydów, ponieważ są one zaprojektowane przez użytkownika. Są one syntetyzowane w celu dopasowania z komplementarnymi zasadami matrycy DNA. Dlatego może mieć dowolną sekwencję nukleotydów. Startery mają ogromne znaczenie dla replikacji DNA, ponieważ polimeraza DNA nie może zsyntetyzować nowego DNA bez wcześniej istniejącego kawałka DNA. Podczas projektowania starterów do PCR należy wziąć pod uwagę następujące rzeczy:

• Startery powinny zawierać komplementarne nukleotydy do flankującego końca DNA, który chce się amplifikować.
• Podkłady powinny mieć temperaturę topnienia między 55 - 65 ⁰do
• Zawartość G i C powinna wynosić od 50 do 60%.

Dwa startery stosuje się w PCR jako do przodu i do tyłu w celu replikacji obu nici próbki DNA. Startery są powszechnie stosowane do przeprowadzania PCR i sekwencjonowania DNA.

Rycina 02: Wyżarzanie startera w PCR

Jaka jest różnica między sondą a podkładem?

Sonda vs podkład
Sonda jest małym fragmentem DNA / RNA stosowanym do wykrywania obecności sekwencji docelowej w próbce przez hybrydyzację molekularną.	Primer to niewielki odcinek DNA lub RNA, który służy jako punkt wyjścia do replikacji DNA.
Funkcjonować
To wykrywa obecność określonej sekwencji w próbce DNA lub RNA.	Działa to jako punkt wyjścia do syntezy DNA.
Długość
Długość może wynosić od 100 do 1000 zasad	Długość wynosi na ogół około 18-20 baz
Wiązanie z sekwencją uzupełniającą
Sonda hybrydyzuje z komplementarnymi zasadami sekwencji docelowej	Starter hybrydyzuje z komplementarnymi zasadami nici DNA.
Etykietowanie
Sondy są oznaczone w celu ułatwienia wykrywania	Podkłady zasadniczo nie są oznakowane
Użyj w PCR
Sondy nie są używane w PCR	Startery stosuje się w PCR

Podsumowanie - Sonda kontra podkład

Sonda jest małym fragmentem sekwencji DNA lub RNA, który można hybrydyzować z komplementarnymi nukleotydami w celu wykrycia sekwencji docelowej w próbce. Sondy są znakowane radioaktywnie, immunologicznie lub fluorescencyjnie, aby zobaczyć obecność sekwencji docelowej. Primer jest bardzo małym fragmentem DNA lub RNA, który działa jako punkt wyjścia in vitro Amplifikacja DNA. Polimeraza DNA identyfikuje starter grupy OH 3 'i inicjuje budowę nowej nici komplementarnej do matrycy. Sondy i startery działają podobnie, hybrydyzując z komplementarnymi nukleotydami. Zatem kluczową różnicą między sondą a primerem jest ich podstawowa funkcja.

Odniesienie:
1. „Primer (biologia molekularna).” Wikipedia. Fundacja Wikimedia, 02 lutego 2017 r. Internet. 01 marca 2017 r.
2. „Sonda hybrydyzacyjna”. Wikipedia. Fundacja Wikimedia, 30 grudnia 2016 r. Internet. 01 marca 2017 r
3. „Primer (biologia molekularna).” Podkład (biologia molekularna) - ScienceDirect Topics. N.p., n.d. Sieć. 01 marca 2017 r

Zdjęcie dzięki uprzejmości:
1. „RYBY w celu identyfikacji bakteryjnego patogenu” Pepetps Togopic Ivan Akira Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) przez Commons Wikimedia
2. „Primers RevComp Melted2” Autor: Richard Wheeler (Zephyris) - Praca własna (CC BY-SA 3.0) przez Commons Wikimedia