Różnica między starterami PCR a starterami do sekwencjonowania
Share
Kluczowa różnica - Primery PCR vs. Sekwencjonowanie Podkłady
W związku z najnowszymi osiągnięciami w dziedzinie biologii molekularnej opracowano różne techniki genetyczne, które sprawiły, że badania różnych ścieżek tego tematu były łatwe i dokładne. PCR i inne procedury sekwencjonowania to dwie ważne takie techniki. Używają różnych podskładników. Startery są uważane za główny podskładnik wspólny zarówno dla technik PCR, jak i technik sekwencjonowania. Startery PCR stosuje się do amplifikacji określonej sekwencji DNA, podczas gdy sstartery wyrównujące stosuje się w kontekście sekwencjonowania fragmentu DNA w celu ujawnienia jego specyficznej kolejności sekwencji nukleotydowej. To jest kluczowa różnica między starterami PCR a starterami do sekwencjonowania.
ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Czym są startery do PCR
3. Co to są podkłady sekwencjonujące
4. Podobieństwa między starterami PCR i starterami do sekwencjonowania
5. Porównanie obok siebie - Startery PCR vs. Startery sekwencjonujące w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie
Jakie są startery do PCR?
Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) to technika genetyczna stosowana w dziedzinie biologii molekularnej w celu amplifikacji jednej lub kilku kopii określonego segmentu DNA i uzyskania wielu milionów identycznych kopii. W reakcji PCR stosuje się różne składniki, w tym startery. Startery to krótkie nici DNA o długości nukleotydów 18–25, co czyni je kompatybilnymi z regionem początkowym i końcowym fragmentów DNA, które mają być amplifikowane. Startery mogą być starterem do przodu i starterem do tyłu. Te startery wiążą się z fragmentem DNA w określonych punktach, w których polimeraza DNA wiąże się ze specyficznym starterem w danym miejscu i inicjuje syntezę nowej nici DNA.
Wybór starterów jest ważnym aspektem procesu PCR. Wybór długości podkładu jest ważny. Idealna długość wynosiłaby 18-25 nukleotydów. Jeśli długość jest zbyt krótka lub zbyt długa, startery nie będą wiązać się z sekwencją DNA, która ma być dokładnie powielona. Startery, które są zbyt krótkie, prowadzą do niespecyficznego hybrydyzacji starterów w różnych miejscach sekwencji DNA.
Rycina 01: Startery PCR
Zawartość guaniny i cytozyny (GC) w dobrym podkładzie powinna mieścić się w zakresie 40–60. Temperatura wyżarzania startera i temperatura topnienia są istotnymi czynnikami podczas PCR. Temperatura topnienia powinna być dokładnie obliczona, a temperatura wyżarzania podkładu powinna wynosić 5 0C niższa niż temperatura topnienia. Temperatura topnienia powinna wynosić 60 ° C i 75 ° C. Zbyt wysoka lub zbyt niska temperatura spowoduje mniejszą aktywność polimerazy DNA.
Co to są podkłady do sekwencjonowania?
Startery do sekwencjonowania stosuje się w kontekście sekwencjonowania fragmentu DNA w celu ujawnienia jego specyficznej tożsamości. Aby uzyskać dobre wyniki sekwencjonowania, ważne są wysokiej jakości startery i szablony. Zatem po wybraniu starterów powinny one być unikalne dla określonego regionu, w którym chcemy sekwencjonować. Powinien również mieć prawidłową orientację, gdzie sekwencje są zwykle generowane z końców 3 'do 5' starterów. Sekwencja powinna być pozbawiona niepożądanej autohybrydyzacji, takiej jak tworzenie pętli spinki do włosów. Nie powinien zawierać kolejnych form zasad guaniny.
Temperatura topnienia (Tm) startera musi być odpowiednia do warunków sekwencjonowania. Dlatego powinna leżeć między 52oC i 74oC. Przygotowanie oligonukleotydów do zastosowania jako starter należy oczyścić w celu uzyskania pożądanej pełnej długości sekwencji. Jeśli oligonukleotydy zawierają zanieczyszczenia, sygnalizacja sekwencji startera zostanie nałożona z różnych miejsc startowania, a także zmniejszy liczbę komórek podstawowych.
Rysunek 02: Sekwencjonowanie starterów
Temperatura topnienia startera (Tm) oligonukleotydu określa, jak silne komplementarne nici DNA hybrydyzują ze sobą. Tm można uznać za obliczenie termodynamiczne, jeżeli zależy od obu sekwencji DNA i kilku warunków, takich jak stężenie soli. Tm jest ważna podczas PCR, gdzie wariant zwany sekwencjonowaniem cyklu jest wykorzystywany do wytworzenia grupy fragmentów zakończonych dideoksynukleotydem. Tutaj sekwencjonowany starter będzie początkowo hybrydyzowany naprzemiennie, a następnie wydłużany i ostatecznie denaturowany do amplifikacji. Dlatego wartość Tm powinna wynosić między 52oC i 74o C. Zsyntetyzowane oligonukleotydy można otrzymać z laboratoriów syntezy DNA / RNA zgodnie z wyborem. Mała skala syntezy stosowana do sekwencjonowania DNA wynosi zwykle 50 nmoli. Co najważniejsze, startery stosowane do sekwencjonowania powinny być oczyszczone, aby były wolne od zanieczyszczeń, które zapobiegną obniżeniu jakości.
Jakie są podobieństwa między starterami PCR a starterami do sekwencjonowania?
- Zarówno startery PCR, jak i startery sekwencjonujące są starterami stosowanymi w procesie amplifikacji docelowej sekwencji DNA.
- Zarówno startery do PCR, jak i startery do sekwencjonowania składają się z nukleotydów.
- Zarówno startery PCR, jak i startery sekwencjonujące są krótkimi oligomerami.
Jaka jest różnica między starterami PCR a starterami do sekwencjonowania?
Startery do PCR a startery do sekwencjonowania | |
| Startery do PCR to krótkie nici DNA o długości sekwencji nukleotydowej 18–25, dzięki czemu są one zgodne z regionem początkowym i końcowym fragmentów DNA, które mają być amplifikowane. | Startery do sekwencjonowania to krótkie oligomery, które stosuje się w kontekście sekwencjonowania fragmentu DNA w celu ujawnienia jego specyficznej tożsamości. |
| Funkcjonować | |
| Startery PCR stosuje się do amplifikacji określonej sekwencji DNA. | Startery do sekwencjonowania stosuje się w kontekście sekwencjonowania fragmentu DNA w celu ujawnienia jego specyficznej tożsamości. |
| Potrzebna liczba starterów | |
| Dwa startery; jeden starter do przodu i jeden starter do tyłu są stosowane jako startery do PCR. | Potrzebujesz tylko jednego startera jako startera do sekwencjonowania. |
streszczenie - Primery PCR vs. Sekwencjonowanie Podkłady
Startery do sekwencjonowania stosuje się w kontekście sekwencjonowania fragmentu DNA w celu ujawnienia jego specyficznej tożsamości. Jeden starter do sekwencjonowania wystarczy do uruchomienia procesu. Aby uzyskać dobre wyniki sekwencjonowania, ważne są wysokiej jakości startery i szablony. Zatem po wybraniu starterów powinny one być unikalne dla określonego regionu, w którym chcemy sekwencjonować. Startery do PCR to krótkie nici DNA o długości nukleotydów 18–25, które są kompatybilne z regionem początkowym i końcowym fragmentów DNA, które mają być amplifikowane. Startery do PCR mogą być starterem do przodu i starterem do tyłu. Zawartość guaniny i cytozyny (GC) w dobrym podkładzie powinna mieścić się w zakresie 40–60. Temperatura wyżarzania startera i temperatura topnienia są istotnymi aspektami podczas PCR. Jest to różnica między starterami do PCR i starterami do sekwencjonowania.
Odniesienie:
1. „Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR).” Khan academy. Dostępny tutaj
2. „Podkłady sekwencjonujące i projektowanie podkładów”. Podkłady sekwencjonujące i projektowanie podkładów | Usługi Core DNA uniwersytetu | University of Calgary. Dostępny tutaj
Zdjęcie dzięki uprzejmości:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Praca własna, (CC BY-SA 3.0) przez Commons Wikimedia
2. „Metody znakowania DNA Sequencin 3” Abizar (oryginalny program do przesyłania) z angielskiej Wikipedii - przeniesiony przez Gustavocarra. ((Domena publiczna) przez Commons Wikimedia
