Różnica między sekwencjami strzelb hierarchicznych i całego genomu

The kluczowa różnica jest to sekwencja między hierarchicznym a pełnym genomem sekwencjonowaniem strzelby w hierarchicznym sekwencjonowaniu strzelby genom jest dzielony na większe fragmenty przed sekwencjonowaniem, podczas gdy podczas sekwencjonowania całego genomu strzelba cały genom jest dzielony na małe fragmenty w celu sekwencjonowania.

Sekwencjonowanie jest ważną techniką w procesach molekularnych, szczególnie w dokładnej identyfikacji gatunków. W rzeczywistości jest to technika identyfikacji dokładnej kolejności nukleotydów w genie lub genomie. Istnieje wiele technik sekwencjonowania. Niektóre z nich obejmują metodę Maxama Gilberta, metodę Sangera i metodę automatyczną Sangera.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest hierarchiczne sekwencjonowanie strzelb
3. Co to jest sekwencjonowanie strzelby w całym genomie
4. Podobieństwa między sekwencjami strzelb hierarchicznych i całego genomu
5. Porównanie obok siebie - sekwencjonowanie hierarchiczne w porównaniu do całego genomu w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie

Co to jest hierarchiczne sekwencjonowanie strzelb?

Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby jest jedną z metod sekwencjonowania. Nazywa się to także „sekwencjonowaniem odgórnym”. Ponadto ta metoda składa się z dwóch etapów: pierwszy etap to amplifikacja genomu, a drugi etap to fragmentacja genomu. W tej metodzie genom jest najpierw ścinany na duże fragmenty. Następnie następuje klonowanie tych dużych fragmentów do różnych gospodarzy przy użyciu wektorów lub sztucznych chromosomów. Następnie te rekombinowane wektory są umieszczane w bibliotece. Podczas sekwencjonowania strzelby klony rekombinowanego wektora sekwencjonowane są indywidualnie. Fragmenty w klonach podlegają trawieniu restrykcyjnemu w celu dalszego zmniejszenia wielkości genomu, a tym samym poddania się sekwencjonowaniu.

Rysunek 01: Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby

Podczas hierarchicznego sekwencjonowania strzelby duże fragmenty fragmentów muszą być ułożone w kolejności przed sekwencjonowaniem strzelby. Odbywa się to za pomocą markerów molekularnych włączanych podczas procesu klonowania.

Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby tworzy mapę genów o niskiej rozdzielczości. Ale tworzy uporządkowaną mapę sekwencji. Dlatego zajmuje to więcej czasu niż bezpośrednie sekwencjonowanie. Cały proces opóźnia się z powodu utworzenia biblioteki rekombinowanych wektorów. Czy jest to również technika pracochłonna. Jednak obecnie technika jest zautomatyzowana, aby ułatwić pracę.

Co to jest sekwencjonowanie strzelby w całym genomie?

Sekwencjonowanie strzelby całego genomu jest procesem sekwencjonowania jednoetapowym. W tym procesie najpierw następuje cięcie całego genomu. Następnie każdy z tych małych fragmentów jest losowo sekwencjonowany. Po zakończeniu sekwencjonowania następuje analiza sekwencji. Podczas analizy sekwencji nakładające się sekwencje są usuwane, a analiza nie jest procesem uporządkowanym. Dlatego zestawianie sekwencji jest mniej wydajnym procesem w porównaniu do hierarchicznego sekwencjonowania strzelby. Jednak proces sekwencjonowania strzelby w całym genomie jest szybszy, a analiza całego genomu może odbywać się w jednym przypadku.

Jakie są podobieństwa między sekwencjami strzelb hierarchicznych i całego genomu?

• Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby z użyciem całego genomu to dwa podejścia do sekwencjonowania.
• Zarówno przechodzą sekwencjonowanie Sanger, jak i zautomatyzowane metody sekwencjonowania Sanger.
• Są zaangażowani w sekwencjonowanie fragmentów DNA i RNA.
• Ponadto obie metody są ważne w diagnostyce molekularnej i celach badawczych.
• Obecnie obie techniki są zautomatyzowane lub komputerowe.
• Obie techniki polegają na fragmentacji genomu.

Jaka jest różnica między sekwencjonowaniem strzelb hierarchicznych i całego genomu?

Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby generuje fragmenty o większych rozmiarach w porównaniu do sekwencjonowania strzelby całego genomu, które działa z małymi fragmentami sekwencji. Jest to więc kluczowa różnica między hierarchicznym a sekwencjonowaniem strzelby całego genomu. Poza tym hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby składa się z dwóch głównych etapów, podczas gdy sekwencjonowanie strzelby całego genomu opiera się na jednym ważnym kroku.

Co więcej, kolejna różnica między hierarchicznym a sekwencjonowaniem strzelby w całym genomie polega na tym, że rozdzielczość jest wyższa w sekwencjonowaniu strzelby w całym genomie w porównaniu do sekwencjonowania strzelby w hierarchii.

Poniższa infografika podsumowuje różnicę między hierarchicznym a sekwencjonowaniem strzelby całego genomu.

Podsumowanie - Hierarchiczne a sekwencjonowanie strzelby całego genomu

Hierarchiczne i genomowe sekwencjonowanie strzelby to dwie techniki sekwencjonowania dużych genomów. Hierarchiczna sekwencja strzelby jest dwuetapowym procesem sekwencjonowania, w którym genom jest dzielony na większe fragmenty. W przeciwieństwie do tego sekwencjonowanie strzelby na cały genom to sekwencjonowanie jednoetapowe, w którym genom jest łamany na małe fragmenty i bezpośrednio sekwencjonowany. Jest to zatem kluczowa różnica między hierarchicznym a sekwencjonowaniem strzelby całego genomu. Ponadto aspekty techniczne mogą się różnić w zależności od dwóch technik.

Odniesienie:

1. Waterston, Robert H i in. „O sekwencjonowaniu genomu ludzkiego”. Materiały z National Academy of Sciences of the United States of America, The National Academy of Sciences, 19 marca 2002, dostępne tutaj.
2. Pal, Shital. „Sekwencjonowanie genomu”. LinkedIn SlideShare, 4 listopada 2014, dostępny tutaj.

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1. „Sekwencjonowanie strzelby całego genomu a hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby” Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Metody biologii obliczeniowej i ich zastosowanie w porównawczej genomice endokomórkowych symbiotycznych bakterii owadów”. Biol. Procedury online (2009). Dostęp poprzez SpringerImages (CC BY-SA 2.5) przez Commons Wikimedia