Różnica między egzomem a transkryptomem

Kluczowa różnica - egzom vs transkryptom
 

Gen zawiera w sobie regiony kodujące i niekodujące. Sekwencje kodujące są znane jako eksony, a sekwencje niekodujące są znane jako introny. Sekwencja nukleotydowa eksonów genu reprezentuje kod genetyczny genu do syntezy specyficznego białka. Zatem eksony pozostają w cząsteczce mRNA. Cały region eksonowy genomu jest znany jako eksom i jest ważną częścią genomu. Kod genetyczny genów jest konwertowany na kod genetyczny cząsteczki mRNA, która jest potrzebna do produkcji białka. Całe cząsteczki mRNA transkrybowane w komórce lub populacji komórek na raz są znane jako transkryptomy. Kluczowa różnica między egzomem a transkryptomem jest taka exome reprezentuje sekwencje regionów eksonowych genomu podczas transkryptom reprezentuje całkowity mRNA komórki lub tkanki w danym czasie.

ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest Exome
3. Co to jest transkryptom
4. Porównanie obok siebie - Exome vs Transcriptome
5. Podsumowanie

Co to jest Exome?

Geny składają się z eksonów, intronów i sekwencji regulatorowych. Egzony są regionami genowymi, które są transkrybowane do sekwencji mRNA podczas transkrypcji. Introny i inne regiony niekodujące są usuwane podczas transkrypcji. Sekwencja nukleotydowa eksonów określa kod genetyczny genu, który syntetyzuje określone białko, które koduje. Jedynie eksony pozostają w obrębie mRNA białka. Zbiór eksonów w genomie jest znany jako eksom organizmu. Reprezentuje część genomu, który ulega ekspresji w genach. U ludzi eksom stanowi 1% genomu. Jest to część kodująca białko ludzkiego genomu.

Rysunek 01: Exome

Co to jest transkryptom?

Transkryptom to zbiór wszystkich transkryptów kodujących białka i niekodujących (RNA) w danej tkance. Transkryptom reprezentuje zbiór całkowitych cząsteczek mRNA eksprymowanych przez geny w komórce lub tkance. Transkryptom komórki można zmieniać za pomocą transkryptomu innego rodzaju komórki. Transkryptom jest również dynamiczny - zmienia się z czasem w odpowiedzi zarówno na bodźce wewnętrzne, jak i zewnętrzne. Nawet w tej samej tkance lub w tym samym typie komórki transkryptom może się zmienić po kilku minutach.

Transkryptom różni się od egzomu organizmu. Transkryptom obejmuje tylko wyrażone sekwencje egzomu. Chociaż egzom komórki pozostaje taki sam, transkryptom różni się między komórkami, ponieważ ekspresja genów nie jest taka sama dla wszystkich komórek lub tkanek. Tylko niezbędne geny ulegają ekspresji w różnych komórkach i tkankach. Ekspresja genów jest procesem specyficznym dla tkanki lub komórki. Jest regulowany przez różne czynniki, w tym czynniki środowiskowe. Dlatego transkryptom może się różnić w zależności od zewnętrznych warunków środowiskowych.

Transkryptom jest stosowany jako prekursor w badaniach proteomicznych. Wszystkie białka pochodzą z sekwencji mRNA. Modyfikacje translacyjne mogą powodować zmiany w białkach. Jednak transkryptom dostarcza ważnych podstawowych informacji do badań proteomicznych.

Rycina 02: Transkryptom embrionalnych komórek macierzystych

Jaka jest różnica między egzomem a transkryptomem?

Exome vs Transcriptome
Exome to kolekcja regionu kodującego białko genów.	Transkryptom to zbiór wszystkich transkrybowanych RNA, w tym mRNA.
Próba
Egzom bada się za pomocą próbki DNA.	Transkryptom bada się za pomocą próbki RNA.
Metoda badania
Sekwencjonowanie całego egzomu jest metodą badania egzomu.	Sekwencjonowanie RNA jest metodą badania transkryptomu.

Podsumowanie - Exome vs Transcriptome

Egzony są sekwencjami kodującymi genów i określają sekwencje mRNA białek. Zbiór tych sekwencji kodujących (eksonów) jest znany jako egzom organizmu. Geny są transkrybowane do cząsteczek mRNA przed wytworzeniem białek. Całkowite cząsteczki mRNA komórki lub tkanki w danym momencie są nazywane transkryptomem. Transkryptom reprezentuje geny, które są aktywnie wyrażane w mRNA w danym momencie. Transkryptom jest specyficzny dla komórek i tkanek i wpływa na warunki środowiska. To jest różnica między egzomem a transkryptomem.

Bibliografia:
1.Sarah i wsp., „Ukierunkowane chwytanie i masowo równoległe sekwencjonowanie dwunastu ludzkich egzomów”. Natura. U.S. National Library of Medicine, 10 września 2009. Web. 01 kwietnia 2017 r
2.Mutz i in. „Analiza transkryptomu z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji”. Elsevier: Wyszukiwarka artykułów. N.p., wrzesień 2012. Web. 01 kwietnia 2017 r

Zdjęcie dzięki uprzejmości:
1. „Transkryptom pluripotencjalnych komórek” Grskovic, M. i Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10 października 2008), StemBook, wyd. Społeczność badawcza komórek macierzystych, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Ryc. 2 Transkryptom komórek pluripotencjalnych. Grskovic, M. i Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10 października 2008), StemBook, wyd. Społeczność badawcza komórek macierzystych, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, (CC BY 3.0) przez Commons Wikimedia