Różnica między sekwencjami egzomu i RNA

Kluczowa różnica - sekwencjonowanie egzomu vs RNA
 

Sekwencjonowanie kwasu nukleinowego to technika, która określa kolejność nukleotydów w określonym fragmencie DNA lub RNA organizmu. Sekwencjonowanie jest ważne w identyfikowaniu składu DNA i RNA komórki i rozróżnianiu niektórych genów kodujących funkcjonalne białka; tak więc sekwencjonowanie można wykorzystać do zrozumienia mutacji tych genów i ekspresji genów. Metoda sekwencjonowania Sangera lub bardziej zaawansowane metody sekwencjonowania nowej generacji to powszechnie stosowane metody sekwencjonowania. Sekwencjonowanie egzomu to sekwencjonowanie pełnego zestawu eksonów lub kodujących regionów DNA obecnych w organizmie, podczas gdy sekwencjonowanie RNA jest procedurą sekwencjonowania kwasów rybonukleinowych (RNA). Jest to kluczowa różnica między sekwencją egzomu a sekwencją RNA.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest sekwencjonowanie egzomu
3. Co to jest sekwencjonowanie RNA
4. Podobieństwa między sekwencjami egzomu i RNA
5. Porównanie obok siebie - Sekwencjonowanie egzomu vs RNA w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie

Co to jest sekwencjonowanie egzomu??

Egzom jest podzbiorem genomu, który składa się z genów kodujących określony organizm. Geny kodujące są nazywane eksonami i są transkrybowane do mRNA, a następnie tłumaczone na sekwencje aminokwasowe. Podczas modyfikacji potranskrypcyjnych mechanizm składania RNA u eukariontów usuwa introny (regiony niekodujące), a eksony pozostają. Są dwie główne techniki, w których wykonuje się sekwencjonowanie egzomu: oparte na rozwiązaniu i oparte na macierzy.

W sekwencjonowaniu egzomu opartym na roztworach próbki DNA są pofragmentowane przy użyciu enzymów restrykcyjnych lub metod mechanicznych i denaturowane przez ciepło. W tej technice biotynylowane sondy oligonukleotydowe (przynęty) stosuje się do selektywnej hybrydyzacji z regionami docelowymi w genomie. W etapie wiązania stosuje się magnetyczne kulki streptawidyny. Po związaniu następuje etap przemywania, w którym niezwiązane i niedocelowe sekwencje są wymywane. Związane cele są następnie amplifikowane przy użyciu reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), a następnie sekwencjonowane przy użyciu technik sekwencjonowania Sanger lub technik sekwencjonowania nowej generacji.

Rysunek 01: Sekwencjonowanie egzomu

Metoda oparta na macierzy jest również podobna do metody opartej na roztworze, z tym wyjątkiem, że fragmenty DNA są przechwytywane do mikromacierzy, a następnie etapy wiązania i płukania są wykonywane przed sekwencjonowaniem.

Sekwencjonowanie egzomu stosuje się w wielu zastosowaniach, takich jak diagnostyka genetyczna chorób, w terapii genowej, w identyfikacji nowych markerów genetycznych, w rolnictwie w celu identyfikacji różnych korzystnych cech agronomicznych oraz w procedurach hodowli roślin.

Co to jest sekwencjonowanie RNA?

Sekwencjonowanie RNA opiera się na transkrypcie, który jest kompletnym transkryptem komórki. Kluczowymi celami sekwencjonowania RNA jest skatalogowanie wszystkich gatunków transkryptu, w tym mRNA, niekodującego RNA i małego RNA, w celu ustalenia struktury transkrypcyjnej genów i ilościowego określenia poziomów ekspresji każdego transkryptu podczas rozwoju. Podczas sekwencjonowania RNA początkowo zastosowano technologie hybrydyzacji (które były komplementarnym DNA pochodzącym z dojrzałych sekwencji mRNA). Obecnie do sekwencjonowania RNA stosowana jest dokładniejsza i bardziej zaawansowana technika.

Rycina 02: Sekwencjonowanie RNA

Podczas sekwencjonowania RNA próbkę RNA, która może być całkowitym RNA lub frakcjonowanym RNA, przekształca się w jego komplementarny DNA (cDNA) przy użyciu odwrotnej transkrypcji i przygotowuje bibliotekę cDNA. Każdy fragment cDNA jest dołączony do adapterów po obu stronach (sekwencjonowanie na końcu pary) lub po jednej stronie (sekwencjonowanie na jednym końcu). Te oznaczone sekwencje są sekwencjonowane przy użyciu sekwencjonowania Sangera lub następnej generacji, podobnie jak sekwencjonowanie egzomu.

Jakie są podobieństwa między sekwencją egzomu a sekwencją RNA?

• Krótkie wybrane fragmenty lub cały zestaw DNA / RNA można zastosować do sekwencjonowania egzomu lub RNA.
• Sekwencjonowane fragmenty są przechowywane w bibliotekach.
• Można zastosować sekwencjonowanie Sangera lub sekwencjonowanie nowej generacji.
• Oba są metodami sekwencjonowania in vitro.
• Sekwencjonowane fragmenty można określić za pomocą fluorescencyjnych znaczników.

Jaka jest różnica między sekwencjami egzomu i RNA?

Sekwencja a sekwencja RNA
Sekwencjonowanie egzomu to sekwencjonowanie pełnego zestawu eksonów lub kodujących regionów DNA obecnych w organizmie.	Sekwencjonowanie RNA odnosi się do procedury sekwencjonowania kwasów rybonukleinowych (RNA); transkryptom.
Próbka początkowa
Genomowy DNA jest początkową próbką sekwencjonowania egzomu.	RNA jest początkową próbką sekwencjonowania RNA.
Kompozycja
Zawiera tylko regiony kodujące całkowite DNA znane jako eksony	Zawiera RNA-mRNA / transkryptom.
Sekwencjonowanie
Istnieją dwie główne metody sekwencjonowania egzomu; technologie oparte na rozwiązaniach i macierzach.	Sekwencjonowanie RNA odbywa się poprzez przygotowanie biblioteki cDNA przez ekstrakcję całkowitego RNA lub rozdrobnionego RNA.

Podsumowanie - Sekwencjonowanie egzomu a RNA

Egzom to kompletny zestaw regionów kodujących organizm, a techniki związane z określeniem dokładnej kolejności nukleotydów w egzomie są znane jako sekwencjonowanie egzomów. Sekwencjonowanie RNA jest techniką związaną z określaniem kolejności nukleotydów RNA organizmu. To jest różnica między sekwencjami egzomu i RNA.

Pobierz wersję PDF Exome vs RNA Sequencing

Możesz pobrać wersję PDF tego artykułu i używać go do celów offline zgodnie z cytatem. Pobierz wersję PDF tutaj Różnica między egzomem a sekwencjonowaniem RNA

Bibliografia:

1.Wang, Zhong i in. „RNA-Seq: rewolucyjne narzędzie do transkryptomiki”. Recenzje przyrody. Genetics, U.S. National Library of Medicine, styczeń 2009, dostępny tutaj. Dostęp 3 września 2017 r.
2.Warr, Amanda i in. „Sekwencjonowanie egzomu: obecne i przyszłe perspektywy”. G3: Geny | Genomy | Genetyka, Genetics Society of America, sierpień 2015, Dostępne tutaj. Dostęp 3 września 2017 r.

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1. „Przepływ pracy sekwencjonowania egzomu 1a” Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) przez Commons Wikimedia
2. „Journal.pcbi.1004393.g002” Autor: SarahKusala - Praca własna (CC BY 3.0) przez Commons Wikimedia