Fat32 i NTFS zostały stworzone do śledzenia wszystkich plików na dysku twardym. Fat (File Allocation System) stworzony przez Billa Gatesa i Marca McDonalda jest starszy z nich i przeszedł wiele zmian od pierwszego pojawienia się w 1977 roku. Liczba ta oznacza liczbę bitów potrzebną do śledzenia akta. Fat16 był standardem od jakiegoś czasu, dopóki nie pojawił się na rynku dysk twardy o pojemnościach większych niż 4 GB, w którym to momencie powstał Fat32.
Z drugiej strony system plików NTFS narodził się z systemu plików HPFS używanego przez OS / 2, współpracę IBM i Microsoft. Gdy umowa nie została zrealizowana, niektóre funkcje systemu HPFS pojawiły się w systemie NTFS, gdy pojawił się na platformie Windows NT. Od tego czasu został opracowany i pojawia się w nowszej wersji systemu Windows, takiej jak XP, Vista, a wkrótce zostanie wydany Windows 7. Microsoft posiada patent na NTFS i dlatego nie ujawnia żadnych szczegółów dotyczących systemu plików, który tworzy dyski NTFS czytelne dla systemów Windows przez długi czas, chociaż istnieją już niektóre implementacje linux, które są w stanie uzyskać dostęp do dysków NTFS, ale bez jego znaczących funkcji.
Fat32 to bardzo uproszczony i pozbawiony puchu system, który jest również bardzo udokumentowany. Tak naprawdę nie robi nic poza śledzeniem, gdzie znajdują się pliki. Właśnie dlatego stał się preferowanym systemem plików dla większości przenośnych nośników danych, takich jak dyski flash, odtwarzacze mp3 i karty pamięci.
System plików NTFS jest wręcz przeciwny, oferując wiele ulepszeń, które nie tylko poprawiają jego wydajność, ale także bezpieczeństwo. Jednym z nich jest przezroczysta kompresja pliku, która automatycznie kompresuje plik podczas zapisywania na dysku. Może to potencjalnie zwolnić miejsce na dysku, ale ładowanie plików może zająć trochę czasu. Kolejnym są przydziały dysku, w których administrator systemu może określić, z jakiej części dysku może korzystać dany użytkownik.
Wybór między systemami plików NTFS i FAT32 jest stosunkowo łatwym zadaniem. Mówiąc najprościej, NTFS jest lepszą opcją, jeśli chcesz wdrożyć go w systemie Windows. Nie tylko ze względu na poprawę prędkości, ale także z powodu wielu funkcji. Nie jest to jednak wskazane w przypadku nośników przenośnych, ponieważ większość urządzeń i innych systemów operacyjnych ma trudności lub nie ma dostępu do dysków NTFS.