Rozmiar komórek prokariotycznych ma zwykle średnicę 0,2-2,0 mikrometrów, podczas gdy komórki eukariotyczne mają średnicę 10-100 mikrometrów.
Eukarionty są powołane do posiadania „prawdziwego jądra”, ponieważ zawiera jądra związane z błoną i składa się z innych organelli, takich jak lizosomy, kompleks Golgiego, retikulum endoplazmatyczne, mitochondria i chloroplasty, podczas gdy prokariota nie ma błony jądrowej ani innych organelli zamkniętych w błonie.
U prokariotów wici składa się z dwóch białek; a ściana komórkowa jest chemicznie złożona i wykonana z peptydoglikanu (pojedynczego dużego polimeru aminokwasów i cukru), podczas gdy wici eukariota są bardziej złożone z wieloma mikrotubulami, a gdy ściany komórkowe są obecne, są one chemicznie proste.
U prokariotów podział komórek zachodzi poprzez rozszczepienie binarne i nie dochodzi do mejozy, ale jedynie przenoszenie fragmentów DNA zachodzi przez sprzęganie. Podział komórek u eukariontów zachodzi przez mitozę, a rozmnażanie płciowe zachodzi przez mejozę.
U eukariontów błona plazmatyczna składa się ze steroli i węglowodanów. Cytoplazma składa się z cytoszkieletów i występuje strumieniowanie cytoplazmatyczne. Rybosomy są większe (80S) i mniejsze (70S), a chromosomy są liczne i liniowo ułożone z histonami. DNA eukariotów jest znacznie bardziej złożone niż DNA prokariotów.
U prokariotów błona plazmatyczna nie zawiera węglowodanów ani steroli. Cytoplazma nie ma cytoszetetonu ani cytoplazmatycznego przesyłania strumieniowego. Rybosomy są mniejsze (70S) i mają pojedynczy kolisty chromosom, który nie składa się z histonów.