Przy klasyfikowaniu organizmów eukariotycznych jako rośliny lub protisty należy pamiętać, że rośliny należą do Plantae Królestwa. Protisty nie tworzą jednego królestwa, ponieważ nie wyewoluowali ze wspólnego przodka. W rzeczywistości spektrum gatunków zwanych protistami jest tak zróżnicowane, że niektóre nie mają ze sobą więcej wspólnego niż rośliny. [I] Aby wykazać tę różnorodność, rozważ fakt, że rozmiary genomu jądrowego u roślin różnią się o współczynnik 1000, podczas gdy genomy protisty różnią się nawet 300 000 razy. [ii]
Nuklearne nici DNA w komórkach roślinnych mają większą złożoność niż te w protistach. Wynika to z obecności genów, które dają komórkom roślinnym zdolność do różnicowania się w określone typy w zależności od struktury i funkcji. Totipotencja prowadzi do tworzenia wyspecjalizowanych tkanek, a zatem rośliny mogą przekształcić się w bardziej złożone organizmy niż protisty.
W rzeczywistości, w przeciwieństwie do protist, wszystkie rośliny są wielokomórkowe. Niektóre protisty są jednokomórkowe, podczas gdy niektóre żyją w koloniach niezależnych komórek, które komunikują się i współpracują w takich zadaniach, jak karmienie i ruch. Te kolonie są unikalne dla grupy protistów. Jeszcze inne protisty, takie jak wodorosty, są wielokomórkowe, a nawet osiągają stosunkowo duże rozmiary. [Iii]
Rośliny są głównymi producentami; są autotrofami, które wytwarzają żywność z cząsteczek nieorganicznych. Nie ma pasożytniczych roślin, które opierają się na innych roślinach jako składniki odżywcze. Niektóre protisty, takie jak glony, są autotrofami, które przeprowadzają proces fotosyntezy w podobny sposób, stosując chloroplasty. Jednak inne protisty uzyskują składniki odżywcze w postaci cząsteczek organicznych i dlatego są znane jako heterotrofy lub konsumenci.
Grupa protistów znanych jako „pierwotniaki” obejmuje kilka gatunków drapieżników i pasożytów, które żywią się bakteriami i innymi protistami. Istnieje kilka protistów, które powodują choroby u ludzi i zwierząt. Jeszcze inne protisty, takie jak śluzowce, są podobne do grzybów i działają jak rozkładniki.
Rośliny wymagają tlenu do oddychania komórkowego. Tutaj protisty różnią się. Podczas gdy niektórzy protisty są również tlenowcami, niektóre gatunki protystów są fakultatywnymi beztlenowcami, zdolnymi do rozkładania węglowodanów bez obecności tlenu. Istnieją nawet obligatoryjne gatunki beztlenowe występujące w błocie i przewodzie pokarmowym zwierząt. Niektóre tkanki roślinne mogą mieć fakultatywne adaptacje tlenowe. [Iv]
Wielu protistów ma wyspecjalizowane struktury komórkowe, które wspomagają ruch i karmienie oraz działają jak narządy zmysłów. Wici są strukturami podobnymi do ogona, które służą do napędzania organizmów ruchem podobnym do pływania. Rzęski są krótszymi strukturami podobnymi do włosów, zwykle znajdowanymi w dużych ilościach na zewnątrz błony komórkowej. Rozszerzenia komórkowe, znane jako pseudopodia, odgrywają rolę sensoryczną w znajdowaniu i pochłanianiu pokarmu, a także w przemieszczaniu protisty.
Z drugiej strony rośliny są stacjonarnymi formami życia. Ruchy są ograniczone do ruchów narządów u pojedynczej rośliny, znanej jako tropizm. Fototropizm to ruch części roślin w kierunku światła słonecznego, podczas gdy thigmotropizm to ruch w odpowiedzi na bodziec fizyczny, taki jak wiązanie się wąsów.
Nasiona nagonasienne i okrytozalążkowe tworzą odpowiednio zarodniki i nasiona w celu rozmnażania kolejnych pokoleń roślin poprzez rozmnażanie płciowe. Gamety są transportowane przez zapylenie. Rozmnażanie bezpłciowe (wegetatywne) jest również powszechne w roślinach takich jak cebulki i bulwy. Cebule i ziemniaki tworzą nowe potomstwo przez pączkowanie, a truskawki rozwijają przypadkowe korzenie, zwane stolonami, które dają początek nowym roślinom. [V] Protistki mogą rozmnażać się drogą płciową przez mejozę lub bezpłciowo przez prosty podział komórek; rośliny nie są w stanie rozmnażać się przez jeden podział mitotyczny. Podczas gdy niektóre podobne do grzybów protisty wytwarzają zarodniki, żaden nie wytwarza nasion.
Z powodu zmian ewolucyjnych rośliny skolonizowały siedliska suchych lądów świata. Charophyta, rodzaj zielonych alg, jest jedynym protistą, który wytwarza sporopolleninę, polimer odporny na wodę. Ściany Sporangium, które chronią zygoty roślinne w sporangiach przed wysuszeniem, zawierają ten związek sporopolleninowy. Dlatego uważa się, że Charophyta jest protistyczną linią, z której wyewoluowały rośliny lądowe. Natomiast protisty są wysoce zależne od obecności wody, aby zapewnić przetrwanie gatunku - o wiele bardziej niż gatunki roślin lądowych.
Protisty są ograniczone do siedlisk wodnych. Gatunki roślin mogą być wodne lub lądowe.