Różnica między podobieństwem a tożsamością w dopasowaniu sekwencji

The kluczowa różnica między podobieństwem i identycznością w dopasowaniu sekwencji jest to podobieństwo to podobieństwo (podobieństwo) między dwiema sekwencjami w porównaniu, podczas gdy tożsamość to liczba znaków, które pasują dokładnie między dwiema różnymi sekwencjami.

Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki, która obejmuje głównie biologię molekularną i genetykę, informatykę, matematykę i statystykę. Wyrównanie sekwencji jest głównym terminem w bioinformatyce. Jest to procedura, w której sekwencje DNA, RNA lub białka są rozmieszczone w celu identyfikacji regionów podobieństwa, które są konsekwencją funkcjonalnego, strukturalnego lub ewolucyjnego związku między sekwencjami. Na końcu linii trasowania zostaną przedstawione jako wiersze w matrycy. Aby wyrównać identyczne znaki w kolejnych kolorach, wstawione przerwy są obecne między resztami.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest podobieństwo w wyrównaniu sekwencji
3. Co to jest tożsamość w dopasowywaniu sekwencji
4. Podobieństwa między podobieństwem a tożsamością w ułożeniu sekwencji
5. Porównanie obok siebie - podobieństwo vs tożsamość w dopasowaniu sekwencji w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie

Co to jest podobieństwo?

Podobieństwo w dopasowywaniu sekwencji jest podobieństwem między dwiema sekwencjami w porównaniu. Fakt ten zależy od tożsamości sekwencji. Podobieństwo przedstawia stopień, w jakim reszty są wyrównane. Zatem podobne sekwencje zawierają podobne właściwości. W bioinformatyce podobieństwo jest narzędziem do oceny podobieństwa między dwoma białkami.

Rysunek 01: Podobieństwo w wyrównaniu sekwencji

Istnieją dwa główne etapy procesu dopasowania sekwencji. Pierwszym krokiem jest dopasowanie parami, które pomaga znaleźć optymalne dopasowanie między dwiema sekwencjami (w tym przerwami) przy użyciu algorytmów takich jak BLAST, FastA i LALIGN. Algorytm dopasowujący znajduje minimalną liczbę operacji edycji; in-dels i podstawienia w celu dopasowania jednej sekwencji do drugiej sekwencji. Po wyrównaniu parami konieczne jest uzyskanie dwóch parametrów ilościowych z każdego porównania parami. Są to tożsamość i podobieństwo.

Czym jest tożsamość?

Tożsamość w dopasowywaniu sekwencji to liczba znaków, które pasują dokładnie między dwiema różnymi sekwencjami. Dlatego luki nie liczą się przy ocenie tożsamości. Pomiar uważa się za relacyjny do krótszej sekwencji między dwiema sekwencjami. Znacząco implikuje to, że ma on efekt, gdy identyczność sekwencji nie jest przechodnia. Jeśli X = Y i Y = Z, to X niekoniecznie jest równe Z. Jest to wywnioskowane w odniesieniu do miary odległości tożsamości.

Rysunek 02: Tożsamość w dopasowaniu sekwencji

Na przykład, X ma sekwencję AAGGCTT, Y ma sekwencję AAGGC, a Z ma sekwencję AAGGCAT. Tożsamość między X i Y wynosi 100% 5 identycznych nukleotydów / min [długość (X), długość (Y)]. Tożsamość między Y i Z również wynosi 100%. Ale tożsamość między X i Z wynosi tylko 85% (6 identycznych nukleotydów / 7).

Jakie są podobieństwa między podobieństwem a tożsamością w dopasowaniu sekwencji?

• Zarówno podobieństwo, jak i tożsamość to dwa terminy, których używamy do dopasowania sekwencji.
• Odnoszą się również do podobieństwa między dwiema sekwencjami.
• Ponadto wyrażamy je jako wartość procentową.

Jaka jest różnica między podobieństwem a tożsamością w ustawianiu sekwencji?

Podobieństwo w wyrównaniu mówi o podobieństwie między dwiema sekwencjami w porównaniu, podczas gdy identyczność w wyrównaniu sekwencji mówi o liczbie znaków, które pasują dokładnie między dwiema różnymi sekwencjami. Dlatego jest to kluczowa różnica między podobieństwem i identycznością w dopasowaniu sekwencji.

Podsumowanie - podobieństwo vs tożsamość w dopasowaniu sekwencji

Wyrównanie sekwencji pomaga zidentyfikować regiony podobieństwa w DNA, RNA lub białku powstałe z powodu funkcjonalnego, strukturalnego lub ewolucyjnego związku między sekwencjami. Dlatego podobieństwo i tożsamość są dwoma kluczowymi terminami w kontekście dopasowania sekwencji. Kluczową różnicą między tymi dwoma terminami jest to, że podobieństwo jest podobieństwem między dwiema sekwencjami w porównaniu, podczas gdy tożsamość to liczba znaków, które pasują dokładnie między dwiema różnymi sekwencjami. Jest to zatem podsumowanie różnicy między podobieństwem i identycznością w dopasowaniu sekwencji.

Odniesienie:

1. „Tożsamość i podobieństwo - miara ilościowa”. Tożsamość i podobieństwo - miara ilościowa, dostępna tutaj.
2. „Wyrównanie sekwencji”. Wyrównanie sekwencji - Bioinformatics.Org Wiki, dostępne tutaj.

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1. „Filogeneza oparta na wyrównaniu i bez wyrównania” Autor: Kolekar Pandurang - Praca własna (CC BY 3.0) przez Commons Wikimedia
2. „Wyjście próbki BLAST” Autor: Fdardel - Praca własna (CC BY-SA 3.0) przez Commons Wikimedia