Różnica między proteomiką a transkryptomiką

Kluczowa różnica - proteomika vs Transcriptomics
 

Technologia omowa to aktualny trend, w którym różne biomolekuły organizmu są postrzegane jako cała kolekcja pod względem jego właściwości i funkcji. Omiczna technologia ma szeroki zakres zastosowań. Różne omiki próbki biologicznej obejmują genomikę, proteomikę, transkryptomikę i metabolomikę. Proteomika obejmuje pełne badanie wszystkich białek w żywym organizmie. Jest definiowany jako zbiór wszystkich białek ulegających ekspresji w organizmie, jego właściwości strukturalne i funkcjonalne. Pełny zestaw białek tworzy zatem proteom. Transcriptomics to kompletne badanie wszystkich cząsteczek przekaźnika RNA (mRNA) obecnych w żywym organizmie. Zatem transkryptomika zajmuje się genami, które są aktywnie wyrażane w żywym organizmie. Całkowity zestaw mRNA w żywym organizmie jest określany jako transkryptom. The kluczowa różnica między proteomiką a transkryptomiką opiera się na rodzaju biomolekuły. W proteomice badany jest całkowity zestaw białek ulegających ekspresji w żywym organizmie, podczas gdy w transkryptomice badany jest całkowity mRNA żywego organizmu.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest proteomika
3. Co to jest Transcriptomics
4. Podobieństwa między proteomiką a transkryptomiką
5. Porównanie obok siebie - proteomika vs transkryptomika w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie

Co to jest proteomika?

Termin proteomika został ukuty w 1995 roku i początkowo zdefiniowany jako całkowite uzupełnienie białka w komórce, tkance lub organizmie. Wraz z postępem w badaniach proteomicznych, został on następnie zmodyfikowany, aby uznać go za ogólny termin, w którym uwzględniono wiele dziedzin badań. Obecnie w ramach tematu proteomika badana jest struktura, orientacja, funkcje, jej interakcje, modyfikacje, zastosowania i znaczenie białek. Dlatego obecnie prowadzonych jest wiele badań w dziedzinie proteomiki.

Pierwsze badania proteomiczne przeprowadzono w celu identyfikacji zawartości białka w Escherichia coli. Mapowanie całkowitej zawartości białka przeprowadzono przy użyciu żeli dwuwymiarowych (2D). Po sukcesie naukowcy przystąpili do scharakteryzowania całkowitej zawartości białka u zwierząt, takich jak świnki morskie i myszy. Obecnie mapowanie ludzkich białek odbywa się za pomocą elektroforezy żelowej 2D.

Zastosowania proteomiki

Istnieje wiele zalet badania proteomiki, ponieważ białka są cząsteczkami rządzącymi większością aktywności ze względu na właściwości katalizatora białek. Zatem badanie całych białek może dostarczyć informacji dotyczących stanu zdrowia organizmu. Niektóre aplikacje są;

1. Adnotacja do genomu: Poprzez badanie zawartości białka w organizmie można określić dokładne genomy odpowiedzialne za aktywny związek białkowy. W tym scenariuszu ważne są wyniki z całej genomiki, Transcriptomics i proteomics.
2. Identyfikacja / diagnostyka choroby: Proteomika jest używana do identyfikacji stanu chorobowego poprzez porównanie zdrowych i chorych
3. Wynieść ekspresja białka studiował podczas eksperymentów.
4. Modyfikacje białek i badania interakcji: Aby użyć białek w in vitro warunki lub in vivo warunki, aby zdecydować o warunkach przechowywania tych ekstrahowanych białek i zbadać zachowanie białka w in vitro, in vivo i metody in-silico.

Ryc. 01: Proteomika

Istnieją różne techniki związane z proteomiką

1. Ekstrakcja całkowitego białka i rozdział białek za pomocą elektroforezy żelowej 2D. Białka można również rozdzielić za pomocą wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC).
2. Sekwencjonowanie wyekstrahowanych białek metodami takimi jak metoda sekwencjonowania Edmunda lub spektrometria masowa.
3. Po zidentyfikowaniu sekwencji właściwości strukturalne i funkcjonalne zawartości białka są analizowane za pomocą oprogramowania komputerowego i narzędzi bioinformatycznych.

Co to jest Transcriptomics?

Termin transkryptom powstał niedawno. Transcriptomics to badanie całkowitej zawartości mRNA w organizmie. Całkowity mRNA jest wyrażanym DNA w żywym organizmie lub komórce. Pełny zbiór mRNA jest określany jako transkryptom.

Kroki w kierunku analizy transkryptomu obejmują,

1. Ekstrakcja RNA, rozdział mRNA przy użyciu kolumnowej chromatografii żelowej z użyciem kulek poli DT.
2. Sekwencjonowanie mRNA zostało wykonane.

Technologia mikromacierzy jest jednym z powszechnych sposobów identyfikacji transkryptomu organizmu. Technika mikromacierzy obejmuje płytkę sondy z komplementarnymi niciami transkryptomu. Po hybrydyzacji można scharakteryzować mRNA obecny w organizmie lub komórkach.

Rycina 02: Techniki transkryptomiczne

Transcriptomics jest obecnie szeroko stosowany w medycynie. Diagnostyka i profilowanie chorób to główne dziedziny, w których stosuje się Transcriptomics. Analizując transkryptom organizmu, można zidentyfikować obcy mRNA, a jeśli występują infekcje, można je zidentyfikować. Niekodujący RNA można rozdzielić za pomocą technologii transkryptomicznych. Można także monitorować ekspresję genów w różnych stresach środowiskowych.

 Jakie są podobieństwa między proteomiką a transkryptomiką?

• Oba są częścią koncepcji technologii omicznej.
• Oba są stosowane w diagnostyce chorób i charakteryzowaniu choroby organizmu.
• Oba obszary badań obejmowały ekstrakcję biomolekuły, rozdział biomolekuły i etapy sekwencjonowania.

Jaka jest różnica między proteomiką a transkryptomiką?

Protemics vs Transcriptomics
Proteomika obejmuje pełne badanie wszystkich białek w żywym organizmie.	Transcriptomics to kompletne badanie wszystkich cząsteczek przekaźnika RNA (mRNA) obecnych w żywym organizmie.
Badany typ cząsteczki biologicznej
Białka są badane w proteomice.	mRNA badane są w transkryptomice.
Czynniki badane
Struktura, funkcja, interakcje, modyfikacje i zastosowania białek są badane w proteomice.	Struktura sekwencji, interakcje ze środowiskiem i zastosowania mRNA są badane w transkryptomice.

Podsumowanie - proteomika vs Transcriptomics 

Omiki odgrywają ważną rolę w dziedzinie nauk przyrodniczych. Proteomika odnosi się do badania proteomu, który tworzy kompletne kolekcje białek w komórce lub organizmie. Transkryptomika odnosi się do badania transkryptomu, który jest kompletnym zestawem eksprymowanego DNA, który ma postać mRNA. Dwa obszary badań, proteomika i transkryptomika, zostały opracowane po wprowadzeniu genomiki i obecnie są szeroko stosowane w diagnostyce medycznej oraz w charakteryzowaniu i badaniach przesiewowych organizmów. To jest różnica między proteomiką a transkryptomiką.

Pobierz plik PDF z Proteomics vs Transcriptomics

Możesz pobrać wersję PDF tego artykułu i używać go do celów offline zgodnie z cytatem. Pobierz wersję PDF tutaj: Różnica między proteomiką a transkryptomiką

Odniesienie:

1.Organ, Richard P. i Louise C. Kenny. „Omiczne” technologie: genomika, transkryptomika, proteomika i metabolomika. ” The Położnik i ginekolog, Blackwell Publishing Inc, 18 lipca 2011 r. Dostępne tutaj  
2.Graves, Paul R. i Timothy A. J. Haystead. „Przewodnik po biologii molekularnej po proteomice”. Microbiology and Molecular Biology Reviews, American Society for Microbiology, marzec 2002. Dostępne tutaj
3.Lowe, Rohan i in. „Technologie transkryptomiczne”. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, maj 2017. Dostępny tutaj  

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1.'Proteomics 'Przez Xxl7441 z angielskiej Wikibooks - przeniesiony z en.wikibooks do Commons., (Domena Publiczna) przez Commons Wikimedia
2. „Komórka mikromacierzy i sekwencjonowania” Thomas Shafee - Praca własna (CC BY 4.0) przez Commons Wikimedia