Różnica między tłumaczeniem nicków a rozszerzaniem podkładu

Kluczowa różnica - Nick Translation vs. Primer Extension
 

Translacja nicka i wydłużanie startera to dwie ważne techniki wykonywane w biologii molekularnej. Kluczowa różnica między translacją nicków a przedłużaniem starterów jest taka proces translacji nicków wytwarza znakowane sondy dla innych technik hybrydyzacji podczas metoda wydłużania startera identyfikuje określoną sekwencję RNA z mieszaniny i ujawnia informacje na temat ekspresji mRNA. Obie techniki mają duże znaczenie i są rutynowo wykonywane w molekularnych laboratoriach badawczych.

ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest Nick Translation
3. Co to jest Primer Extension
4. Porównanie obok siebie - Nick Translation vs Primer Extension
5. Podsumowanie

Co to jest Nick Translation?

Tłumaczenie nicków jest ważną techniką stosowaną do przygotowania znakowanych sond do różnych technik biologii molekularnej, takich jak blotting, in situ hybrydyzacja, fluorescencja in situ hybrydyzacja itp. To jest in vitro metoda znakowania DNA. Sondy DNA są używane do identyfikacji specyficznych sekwencji DNA lub RNA. Za pomocą znakowanej sondy można oznaczyć lub zwizualizować określone fragmenty złożonej mieszaniny kwasu nukleinowego. Dlatego znakowane sondy są przygotowywane przy użyciu różnych technik, które mają być stosowane do różnych technik. Translacja nicka jest jedną z takich metod, która wytwarza znakowane sondy za pomocą enzymów DNazy 1 i polimerazy DNA 1.

Proces translacji nicków rozpoczyna się od aktywności enzymu DNazy 1. DNaza 1 wprowadza nicki w fosforanowym szkielecie dwuniciowego DNA poprzez rozerwanie wiązań fosfodiestrowych między nukleotydami. Po utworzeniu nicka powstanie wolna grupa 3 'OH nukleotydu i na nią zadziała enzym polimeraza DNA 1. Aktywność egzonukleazy 5 'do 3' polimerazy DNA 1 usuwa nukleotydy z nici w kierunku 3 'nici DNA. Jednocześnie aktywność polimerazy enzymu polimerazy DNA 1 działa i dodaje nukleotydy, aby zastąpić usunięte nukleotydy. Jeśli nukleotydy zostały znakowane, zastąpienie nastąpi przez znakowane nukleotydy i oznaczy DNA do identyfikacji. Ten nowo zsyntetyzowany znakowany DNA można wykorzystać jako sondy w różnych reakcjach hybrydyzacji w biologii molekularnej.

Rysunek 01: Proces tłumaczenia nicka

Co to jest Primer Extension?

Wydłużanie startera jest techniką stosowaną do znalezienia specyficznej sekwencji RNA z mieszaniny RNA i zlokalizowania końca 5 'transkryptu mRNA. Służy również do badania struktury RNA i ekspresji. Metodę wydłużania startera przeprowadza się za pomocą znakowanych starterów lub znakowanych nukleotydów. Jeśli stosuje się znakowane startery, wyklucza to potrzebę znakowania nukleotydów, które są wykorzystywane do syntezy cDNA. Ta technika składa się z kilku kroków. Zaczyna się od ekstrakcji RNA z próbki. Następnie do mieszaniny dodaje się znakowany starter oligonukleotydowy wraz z niezbędnymi składnikami do syntezy cDNA o określonej sekwencji RNA. Starter hybrydyzuje z sekwencją komplementarną z mieszaniny. Wykorzystując sekwencję hybrydyzującą ze starterem jako matrycę, enzym odwrotna transkryptaza syntetyzuje komplementarny DNA (cDNA) sekwencji RNA. Wyżarzanie startera i odwrotna transkrypcja zachodzą tylko wtedy, gdy w próbce występuje konkretna sekwencja RNA. Wreszcie, gdy przeprowadzana jest elektroforeza w żelu denaturującym, można określić rozmiar sekwencji RNA. Łatwo jest również znaleźć zasadę +1 sekwencji mRNA (miejsce inicjacji transkrypcji) metodą wydłużania startera. Ilość mRNA obecnego w próbce można określić ilościowo za pomocą tej metody, jeśli stosuje się nadmiar startera.

Rysunek 02: Przedłużenie podkładu

Jaka jest różnica między Nick Translation a Primer Extension?

Tłumaczenie Nick kontra Primer Extension
Translacja nicka jest procesem, który tworzy znakowane sondy DNA dla różnych reakcji hybrydyzacji.	Wydłużanie startera jest techniką stosowaną do znajdowania specyficznego RNA lub badania ekspresji genów.
Użyte enzymy
Stosuje się enzymy DNazy 1 i polimerazy DNA.	Zastosowano enzym odwrotnej transkryptazy.
Znaczenie
Translacja nicka ułatwia oznaczanie określonej sekwencji DNA.	Wydłużenie startera umożliwia wykrycie określonej wielkości sekwencji mRNA i ilości obecnej w próbce.

Podsumowanie - Nick Translation vs. Primer Extension

Tłumaczenie nicków jest metodą stosowaną do syntezy znakowanych sond w oparciu o aktywność DNazy 1 i E coli Enzymy polimerazy DNA 1. To jest in vitro metoda stosowana w laboratoriach przed różnymi technikami hybrydyzacji. Podczas translacji nicka aktywność egzonukleazy 5'-3 'polimerazy DNA 1 usuwa nukleotydy przed nickiem, a aktywność polimerazy polimerazy DNA 1 zastępuje usunięte nukleotydy znakowanymi nukleotydami za nickiem. Wydłużanie startera jest metodą stosowaną do wykrywania specyficznego transkryptu RNA z mieszaniny oraz do ilościowego określenia wielkości i ilości interesującego RNA. Jest to różnica między translacją nicka a przedłużeniem startera.

Bibliografia
1. Reid, Alex. „Nick Translation”. Skoczek. N.p., n.d. Sieć. 18 kwietnia 2017 r
2. „Primer Extension”. Diagnostyka krajowa. N.p., n.d. Sieć. 19 kwietnia 2017 r
3. Kuo, M. T. i W. Plunkett. „Translacja nick chromosomów metafazowych: znakowanie in vitro regionów nadwrażliwych na nukleazę w chromosomach”. Postępowania z National Academy of Sciences of United States of America. U.S. National Library of Medicine, luty 1985. Web. 19 kwietnia 2017 r
4. Raymond i in. „Prosty, ilościowy test PCR z wydłużaniem startera do bezpośredniego monitorowania mikroRNA i krótko zakłócających RNA”. RNA. Copyright 2005 RNA Society, listopad 2005. Internet. 19 kwietnia 2017 r

Zdjęcie dzięki uprzejmości:
1. „Primer Extension Assay” autor: Jjnmmnjj - Praca własna (CC BY-SA 3.0) przez Commons Wikimedia