Różnica między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA

The kluczowa różnica między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA jest to, że izolacja genomowego DNA ma na celu ekstrakcję genomowego DNA, podczas gdy izolacja plazmidowego DNA ma na celu ekstrakcję plazmidowego DNA bakterii.

Izolacja DNA jest procesem chemicznym stosowanym do izolacji DNA z różnych gatunków lub z różnych próbek. Izolacja DNA jest ważna w dalszych technikach biologii molekularnej, takich jak elektroforeza żelowa, reakcja łańcuchowa polimerazy i techniki sekwencjonowania DNA. Dlatego izolacja DNA jest niezbędnym procesem chemicznym w molekularnych badaniach biologicznych. W oparciu o cel badań czasami konieczne jest wyizolowanie genomowego DNA. Ponadto niektóre badania koncentrują się na izolowaniu plazmidowego DNA z bakterii. Izolacja genomowego DNA to proces izolowania genomowego DNA z próbki prokariotycznej lub eukariotycznej. Etapy izolacji różnią się w zależności od rodzaju komórki, w której izoluje się DNA. Izolacja plazmidowego DNA to proces izolowania plazmidowego DNA z komórki bakteryjnej. W porównaniu z izolacją genomowego DNA cały proces jest złożony w izolacji plazmidowego DNA.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest izolacja genomowego DNA
3. Co to jest izolacja plazmidowego DNA
4. Podobieństwa między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA
5. Porównanie obok siebie - DNA genomowe vs izolacja plazmidowego DNA w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie

Co to jest izolacja genomowego DNA?

Izolacja genomowego DNA to proces ekstrakcji całego genomowego DNA organizmu. Ten szczególny proces obejmuje trzy główne wydarzenia. Są to: lizy komórek lub lizy jądrowej, degradacji białek lub proteolizy i wytrącania genomowego DNA. Etap lizy może się różnić w zależności od typu komórki. U prokariotów, ponieważ istnieje ściana komórkowa peptydoglikanu, pierwszym krokiem powinien być rozkład ściany komórkowej. Z drugiej strony u eukariontów etap lizy obejmuje rozpad błony plazmatycznej i błony jądrowej w celu wyprowadzenia DNA na zewnątrz. Natomiast specjalne kroki są niezbędne do lizy roślin i grzybowych ścian komórkowych.

Rycina 01: Izolacja genomowego DNA

W konsekwencji, po zakończeniu etapu lizy, ostatecznie do supernatantu dojdzie DNA. Jednocześnie degradacja białka zachodzi również w roztworze z powodu dodania proteinazy K. Kolejnym krokiem jest oddzielenie od siebie genomowego DNA i zdegradowanych białek. Stąd zdegradowane białka oddzielają się przez wytrącanie, umożliwiając genomowe DNA pozostanie w supernatancie. Po wytrąceniu białek genomowy DNA można wytrącić i ponownie zawiesić w odpowiednim buforze, aż będzie to wymagane w eksperymencie.

Genomowe DNA, które jest liniowym DNA, zawiera wszystkie informacje genetyczne organizmu. Innymi słowy, genom jest materiałem dziedzicznym żywego organizmu, który jest odpowiedzialny za wszystkie strukturalne i funkcjonalne działania komórki. Składa się zarówno z kodujących, jak i niekodujących sekwencji DNA. Podczas izolowania genomowego DNA obejmuje on cały genom organizmu.

Co to jest izolacja plazmidowego DNA?

Izolacja plazmidowego DNA jest specjalnym i bardziej skomplikowanym procesem izolacji DNA. Plazmidy są pozachromosomalnym DNA obecnym w większości komórek bakteryjnych. Są to uśpione okrągłe DNA, które wspiera bakterie w przetrwaniu w trudnych warunkach środowiskowych. Plazmidowe DNA składa się ze specjalnych opornych genów, które zapewniają dodatkowe korzyści bakteriom, takie jak oporność na antybiotyki, właściwości wirulencji i właściwości toksyczne.

Rycina 02: Izolacja plazmidowego DNA

Izolacja plazmidowego DNA obejmuje również trzy główne procesy; liza komórek, proteinoliza i precypitacja DNA. Chociaż biochemiczny mechanizm izolacji jest podobny do mechanizmu izolacji genomowego DNA, proces jest bardziej złożony niż on. Proces lizy komórek jest najważniejszym procesem w tej procedurze. Co najważniejsze, genomowego DNA i plazmidowego DNA nie należy mieszać ze sobą. Dlatego znacznie łagodniejszy proces lizy obejmuje procedurę izolacji plazmidowego DNA. Dlatego w większości procedur izolacji plazmidowego DNA należy użyć detergentu; dodecylosiarczan sodu do lizy komórek.

Jakie są podobieństwa między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA?

• Izolacja DNA genomowego i plazmidowego koncentruje się na ekstrakcji DNA z organizmu.
• Oba przebiegają również w tym samym ogólnym procesie, który obejmuje lizę komórek, degradację białka i precypitację DNA.
• Ponadto wynikowe DNA obu procesów jest ważne dla dalszych procesów.
• Ponadto oba procesy izolacji obejmują etapy oczyszczania i przechowywania DNA w określonych warunkach przechowywania.
• Poza tym proteinazę K stosuje się w obu metodach degradacji białek.

Jaka jest różnica między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA?

Izolacja genomowego DNA koncentruje się na ekstrakcji całego genomowego DNA docelowego organizmu, podczas gdy izolacja plazmidowego DNA koncentruje się na izolowaniu tylko plazmidowego DNA z określonego gatunku bakterii. Dlatego jest to kluczowa różnica między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA. Co więcej, inna procedura między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA polega na procedurze. Izolacja genomowego DNA jest mniej złożoną procedurą w porównaniu z izolacją plazmidowego DNA. Dlatego podczas izolowania plazmidowego DNA konieczne jest podjęcie środków ostrożności, aby zapobiec mieszaniu się genomowego i plazmidowego DNA ze sobą.

Poniższy infograohic dostarcza dalszych szczegółów na temat różnicy między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA.

Podsumowanie - DNA genomowe vs izolacja plazmidowego DNA

Izolacja DNA jest ważnym procesem w technikach biologii molekularnej. Istnieją dwa rodzaje DNA, a mianowicie DNA genomowe i DNA plazmidowe (DNA pozachromosomalne). W oparciu o wymaganie, niektóre procedury przeprowadzono w celu izolacji genomowego DNA, podczas gdy niektóre procedury koncentrują się na izolacji tylko plazmidowego DNA z bakterii. Stąd etapy obu procesów różnią się nieznacznie. Cały proces jest jednak taki sam w obu izolacjach. Izolowane DNA obu procesów ma ogromne zastosowanie w dalszych procesach, takich jak klonowanie, elektroforeza żelowa i reakcje łańcuchowe polimerazy. Pod koniec protokołu izolacji genomowego DNA cały genomowy DNA organizmu można wyizolować jako produkt końcowy, zaś na końcu protokołu izolacji plazmidowego DNA można wyizolować plazmidowy DNA odpowiedniej bakterii jako produkt końcowy. Dlatego jest to różnica między genomowym DNA a izolacją plazmidowego DNA.

Odniesienie:

1. „EKSTRAKCJA DNA Z BAKTERII”. Ekstrakcja DNA z bakterii. Dostępny tutaj 

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1. „Ekstrakcja DNA” Joo Nath - Praca własna (CC BY-SA 4.0) przez Commons Wikimedia 
2. „Plazmidowa miniprep” Autor: Retama - opracowanie własne (CC BY-SA 4.0) przez Commons Wikimedia