Różnica między BLAST a FastA

The kluczowa różnica jest między BLAST i FastA BLAST jest podstawowym narzędziem do wyrównywania dostępnym na stronie internetowej Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej, podczas gdy FastA jest narzędziem do wyszukiwania podobieństw dostępnym na stronie Europejskiego Instytutu Bioinformatyki.

BLAST i FastA to dwa programy, które są szeroko stosowane do porównywania biologicznych sekwencji DNA, aminokwasów, białek i nukleotydów różnych gatunków i szukania ich podobieństw. Algorytmy te zostały napisane z myślą o szybkości. Ponieważ kiedy naukowcy byli w stanie wyizolować DNA w laboratorium w połowie lat 80. XX wieku, pojawiła się potrzeba porównania i znalezienia identycznych genów do dalszych badań z dużą prędkością. Dlatego te dwa programy zostały opracowane w taki sposób, że użytkownik może szybko wyszukać podobne sekwencje z sekwencjami zapytań.

BLAST to skrót od Podstawowe narzędzie wyszukiwania lokalnego wyrównania i wykorzystuje zlokalizowane podejście do porównywania dwóch sekwencji. FastA to oprogramowanie odnoszące się do Fast A, gdzie A oznacza All. Tutaj oprogramowanie współpracuje z alfabetami takimi jak Fast A do sekwencjonowania DNA i Fast P dla białka. Zarówno BLAST, jak i FastA bardzo szybko porównują dowolną bazę danych genomów, a zatem są bardzo opłacalne zarówno pod względem finansowym, jak i oszczędności czasu.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest BLAST
3. Co to jest FastA
4. Podobieństwa między BLAST i FastA
5. Porównanie obok siebie - BLAST vs FastA w formie tabeli
6. Podsumowanie

Co to jest BLAST?

BLAST jest jednym z najczęściej używanych programów bioinformatycznych opracowanym w 1990 roku. Od tego czasu jest on dostępny dla wszystkich na stronie NCBI. Ponadto każda osoba może uzyskać dostęp do tego oprogramowania i korzystać z niego. Ponadto BLAST to oprogramowanie, które potrzebuje danych wejściowych lub sekwencji w formacie FastA. Ale daje dane wyjściowe w postaci zwykłego tekstu, HTML lub XML. BLAST działa na zasadzie wyszukiwania zlokalizowanych podobieństw między dwiema sekwencjami i krótkiej listy podobnych sekwencji, a następnie wyszukuje podobieństwa w sąsiedztwie.

Rysunek 01: Wyniki BLAST

W ten sposób to oprogramowanie wyszukuje dużą liczbę podobnych lokalnych regionów i daje wynik po osiągnięciu wartości progowej. Jednak ten proces różni się od wcześniejszego oprogramowania, które najpierw przeszukuje całą sekwencję, a następnie dokonuje porównania, a zatem zajęło dużo czasu.

Oprócz powyższej kontroli podobieństwa, BLAST ma wiele innych zastosowań, takich jak mapowanie DNA, porównywanie dwóch identycznych genów u różnych gatunków, tworzenie drzewa filogenetycznego itp..

Co to jest FastA?

FastA to oprogramowanie do dopasowywania sekwencji białek. David J. Lipman i William R. Pearson opisali to oprogramowanie w 1985 roku. Chociaż początkowym zastosowaniem tego oprogramowania było jedynie porównywanie sekwencji białkowych, zmodyfikowana wersja programu była w stanie również porównywać sekwencje DNA. W tym oprogramowaniu zastosowano statystyczną zasadę znajdowania podobieństwa między dwiema sekwencjami. Dopasowuje jedną sekwencję DNA lub białka z inną sekwencją metodą lokalnego dopasowania sekwencji.

Rysunek 02: FastA

Wyszukuje jednak regiony lokalne pod kątem podobieństwa, ale nie najlepiej dopasowuje dwie sekwencje. Ponieważ to oprogramowanie czasami porównuje zlokalizowane podobieństwa, może również wymyślić niedopasowania. W sekwencji FastA bierze małą część znaną jako k-krotki, gdzie krotki mogą mieć od 1 do 6 i pasują do k-krotek drugiej sekwencji. Pod koniec procesu dopasowywania, gdy osiągnie wartość progową, generuje wynik.

Jakie są podobieństwa między BLAST a FastA?

• BLAST i FastA to narzędzia bioinformatyczne służące do porównywania sekwencji białek i DNA pod kątem podobieństw.
• Oba programy wykorzystują także strategię punktacji do porównywania sekwencji.
• Ponadto oba narzędzia dają bardzo dokładne wyniki.

Jaka jest różnica między BLAST a FastA?

BLAST to narzędzie do sprawdzania podobieństwa między sekwencjami biologicznymi. Z drugiej strony FastA to kolejny program, który ułatwia sprawdzanie podobieństwa sekwencji białek i DNA. Jednak w porównaniu z FastA oprogramowanie BLAST jest bardzo popularne, ponieważ zapewnia dokładniejsze i szybsze wyniki. Dlatego jest to różnica między BLAST i FastA. Ponadto, w przeciwieństwie do FastA, program BLAST można modyfikować zgodnie z potrzebami użytkownika. Dlatego jest to kolejna różnica między BLAST i FastA.

Poniższa infografika na temat różnic między BLAST i FastA zawiera więcej szczegółów.

Podsumowanie - BLAST vs FastA

BLAST i FastA to dwa programy, które pozwalają użytkownikowi porównać sekwencję zapytań z sekwencjami w istniejących bazach danych i sprawdzić podobieństwa. Pierwotnym celem FastA było porównanie tylko sekwencji białkowych. Jednak zmodyfikowana wersja tego oprogramowania ułatwia porównywanie sekwencji białek i DNA. Chociaż FastA to dobre oprogramowanie, większość ludzi korzysta z narzędzia do wyrównywania BLAST, ponieważ jest ono bardziej popularne i zapewnia dokładniejsze i szybsze wyniki niż FastA. Ponadto narzędzie BLAST można modyfikować zgodnie z wymaganiami użytkownika. W skrócie, to podsumowuje różnicę między BLAST i FastA.

Odniesienie:

1. Madden, Thomas. „Narzędzie analizy sekwencji BLAST”. Current Neurology and Neuroscience Reports., U.S. National Library of Medicine, 15 marca 2013. Dostępne tutaj 

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1. „Wyniki CCDC132 Blast” Autor: NCBI Blast - NCBI Blast, (domena publiczna) przez Commons Wikimedia  
2. „Region promotora FAM149A (format FASTA)” Autor: LarsonGCD - Praca własna (CC BY-SA 3.0) przez Commons Wikimedia